La végétation est composée de savanes boisées avec de grands arbres et de hautes herbes.

On y rencontre les essences suivantes :

• Veillerai chartiés,

• Parkia Biglobosa (Néré),

• Tamarindus Indica (Tamariniers),

• Adansonia Digita (Baobab),

• Khaya Sénégalensis (Caïcedrat),

• Toro,

• N’Gaban,

• M’Pégamba,

• Wolo,

• Boumbou,

• KougoSira,

• SiraniDié.

La commune de Bougouni a une forêt classée à Flaboula qui fait 200 hectares. Les forêts sont soumises à des pressions comme le besoin croissant de bois de chauffe, le charbon à bois.