Bougouni d’après la tradition orale signifie étymologiquement petite hutte qui a servi de lazaret lors d’une épidémie de variole dont fut victime le patriarche de la famille des peulh Diakité de la localité (au 18ème siècle). Ce dernier du nom de Média Diakité était installé auprès des Coulibaly qu’une émigration l’avait conduit de Ségou en ces lieux au 18ème siècle.

Le site de lazaret s’étant révélé propice aux activités pastorales et de chasse. La famille Diakité s’installa définitivement au lazaret et prospéra tout en entretenant d’excellant rapport avec les voisins notamment les liens de mariage. Les différents contacts entre les peulhs Diakité et leur voisins d’une part et d’autre part entre les caravaniers de la route de la cola (vers le sud de la République de Côte d’Ivoire) et du sel (vers le nord) se faisaient sous le vocable « petite hutte ».

Au fil du temps, Bougouni donna naissance à un village qui conserva le nom consacré Bougouni. Sous l’occupation coloniale et en raison de sa position stratégique entre les troupes de Samori Touré et celles de Babemba Traoré du Kénédougou au sud et le front de pénétration française du nord, le village bénéficie du statut du chef lieu du cercle en 1893.Il devint la capitale du canton du Banimonitié (littérairement entre le ba = fleuve et le mono = rivière) sous le mandat des peulh Diakité à travers le chef de canton Sakoro Mery Diakité.

Après l’accession du pays à l’indépendance en 1960, la ville qui était devenue Bougouni fut érigée en commune en 1983 soit cent ans (100 ans) après le début de la colonisation.

De nos jours, la commune urbaine de Bougouni est cosmopolite malgré une certaine prédominance des peulhs. Elle est gérée par un conseil communal composé de cinq (5) membres dont un maire assisté dans ces fonctions de la police administrative par un secrétaire général, administrateur de formation.